본 발명의 최소 잔액을 활용한 HCE 모바일 선불 교통 카드 결제 시스템 및 결제 방법에 따르면, 기존의 HCE 기반의 카드 결제의 한계인 통신 환경 문제의 영향을 최소화하기 위한 것이며, HCE 활성화를 통한 NFC 기능 활성화, 결제 단말기로부터 결제 요청 시 내부에서 최소 잔액으로 결제 응답하는 기능과, 금액 차감 및 암호화 키를 확인하는 모바일 단말기, 교통 카드 번호와 모바일 단말기 번호 관리 및 암호화 키 정보를 모바일 단말기에 전송하며, 모바일 단말기에서 차감 및 충전된 잔액 정보를 수신하는 경우 내부에 저장된 교통 카드 충전 잔액 정보를 갱신하는 운영 서버를 포함하여 구성되며, HCE를 통해 교통 카드 결제를 하는 경우 발생하는 통신 환경에 따른 지연 및 거래 불가 현상을 모바일 단말기에서 잔액을 생성해 줌으로써 모바일 단말기와 결제 단말기 사이 자체 거래가 가능하고 주기적으로 모바일과 운영 서버 사이 암호화 키 인증을 수행함으로써 보안에 취약한 모바일 단말기를 보호할 수 있는 효과가 있다.